Le nom Sllery vient de Noël Brûlart de Sillery, un chevalier de Malte et diplomate français du XVIIe siècle. Il a financé la mission Jésuite établie en 1637 dans l'anse Saint-Joseph, qui portait alors le nom autochtone Kamiskoua-Ouangachit, signifiant "pointe aux anguilles" ou "endroit ou l'on va pêcher". Quant à la Mission Saint-Joseph de Sillery, elle a été fondée par les Jésuites pour évangéliser les peuples autochtones. Son nom fait référence à Saint-Joseph, le patron des missions et des travailleurs.
La mission Saint-Joseph, fondée en 1637 par les Jésuites, connu plusieurs transformation. Initialement conçue pour évangéliser les peuples autochtones, elle a évolué avec le temps. En 1657, un incendie a ravagé la mission, détruisant plusieurs bâtiments, dont la résidence des pères et la chapelle. Malgré les efforts de reconstruction, la mission a progressivement perdu de son importance, notamment en raison des épidemies et des conflits avec les Iroquois. Finalement, en 1698, elle a été abandonnéattchée à la paroisse Notre-Dame-de-Foy.